Der heutige Ort ist normannischen Ursprungs, er gehörte zuerst dem Bischof von Syrakus und dann verschiedenen Lehnsherren: dem Admiral Ruggero di Lauria und somit der Familie Gravina, die dadurch 1629 den Titel der Prinzen von Palagonia erhielten.
In diesem Gebiet gründete Duketios, der König der Sikuler, 453 v. Chr. die Stadt Paliké, die Hauptstadt des aufständischen Königtums gegen die griechische Vorherrschaft. Hier war auch das Heiligtum der Götter von Palikai, neben dem See, der heute Naftia heißt und wegen göttlicher Manifestationen (wie dem Ausströmen von Kohlendioxyd) als heilig galt. Es war auch der Ort von Schwurleistungen und grausamen Bestrafungen der Meineidigen und Lügner.
Sehenswürdigkeiten
Die Pfarrkirche von Palagonia ist Santa Febronia geweiht, der Schutzpatronin und Königin des Regens. Die Landarbeiter feiern sie im April mit folkloristischen und religiösen Veranstaltungen, indem sie die Statue zur Contrada delle Coste außerhalb der Stadt tragen, bis hin zur felsigen Eremitage Santa Febronia, einer kleinen und interessanten byzantinischen Basilika des 5./6. Jhs. mit Fresken in der Apsis.