Das Castello befindet sich auf einem Fels vulkanischen Ursprungs, der mit der Insel durch einer Brücke verbunden ist, die Alfonso von Aragonien 1438 erbauen ließ.
Ursprünglich wurde es als „Castrum" von Hieron von Syrakus 474 v.Chr. erbaut und nach einer langen Verlassenheit erzielte es im 14. Jahrhundert seinen höchsten Glanz. Zuerst Alfons I. von Aragon ließ die ursprüngliche Festung mit Mauern, Palästen und sogar 13 Kirchen bereichern, um es in ein politisches, kulturelles und geistliches Zentrum zu verwandeln. Dort lebten fast 2000 Familien, ungefähr 5000 Personen. Der Renaissancehof der adligen Dichterin Vittoria Colonna stellte die Blütezeit sowie den Beginn der Dekadenz für das Castello Aragonese dar, die mehr als ein Jahrhundert dauerte.
Gegen Anfang des 18. Jahrhunderts entvölkerte sich das Castello, da seine Einwohner und der Bischofssitz auf die Insel umzogen; nur einige Institutionen blieben auf dem Inselchen, wie zum Beispiel das Klarissenkloster. In diesem Kloster kann man noch heute den damaligen Friedhof besichtigen, da die Klarissen, die nach dem Tod nicht begraben wurden, auf Steinsitze in der Krypta gesetzt wurden, in dessen Mitte ein Loch war und dort auch blieben. Durch einen täglichen Besuch der Krypta wurden die Klarissen daran erinnert, daß das Leben ein Ende hat. Auf Befehl des Bischofs wurde dieses grauenhafte Szenario Anfang der '60er Jahre beseitigt.