Im Jahre 1646 kamen 3000 Fußsoldaten und 300 berittene Soldaten der französischen Armee auf Elba an. Nachdem sie Piombino erobert hatten, besetzten sie Rio, die Festung Giogo und zuletzt Longone (heute Porto Azzurro); da auch Frankreich ein Interesse an einer strategisch wichtigen Stellung zur Eroberung Italiens hatte.
Die Spanier ergaben sich erst vor dieser numerischen Übermacht, es gelang ihnen jedoch ihre Stellungen 4 Jahre später, unter der Führung von Don Juan, Sohn von Phillip dem IV, wieder zu erobern. Gleichzeitig wurden die Angriffe der Piraten von See her fortgeführt, und einerseits deswegen, andererseits um sich besser gegen die eventuellen Angriffe der Franzosen zu verteidigen, entschieden die Spanier in der Bucht von Longone eine zweite Festung zu errichten: Forte Focardo. Die Festung wurde in großer Eile erbaut um weiteren Gefahren entgegenzuwirken, die etwa darin bestanden, dass eventuelle kriegerische Flotten im Schutze der Bucht die Festung San Giacomo von Longone, strategisch wichtiger Hafen des Verteidigungssystems, bombardieren konnten.
Auf diese Weise wurde die Einfahrt in die Bucht praktisch unmöglich gemacht. Forte Focardo bekam seinen Namen nach seinem Erbauer, wie die Inschrift in spanischer Sprache beweist, welche sich am inneren Tor befindet:
„Im Jahre 1678, auf Wunsch ihrer unbezwingbaren Majestät, Carlo, König von Spanien, befahl der exzellente Don Ferdinando Foxardo, in seiner Eigenschaft als Gouverneur von Longone, im Namen seiner Majestät, diese Festung zu errichten.
Heute gehört die Festung der Italienischen Marine.